mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGAGACAAGAGTGAGT TCACTCTTTTCTCATCTAACA GTAAAGGCTTGGTACGTAACACTCACTCTTTTCTCATCTAACACAAAGGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCTTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTAATACCAGCTTGGAGC GATTGAATAAATTAAATTTAAACTGTAGTTATACTTTTATAGTTATCTTAGTCGAGAAATTCTTAAAATGTTTGTATAGTTGGCAGTTGTTAGTAAAGGCTTGGTACGTAACACTCACTCTTTTCTCATCTAACACAAAGGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCTTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTAATACCAGCTTGGAGCTTGGTACTTGTAACACTTACATCCCAATTGATTAATACGAGTTTAAAATATTTCTCTTGTTGGTATTACTTTAAAAGAAAAACAGAACCATTTTATCATAGTTACACACAACATCCATTCATTCAACTAAATATTCATAAACTGCCACAAAGCGACAAAGCATAAAAGTCAGGATTTTAAATTATCGACATTAGCCAAATATACATTTGCAGCAACAAAAATAATTCAGCACTGTAATGCATACGCTATGGGTGAGTAATGAGTTCATGCATAAATTAAATAAACCAATATACTTAAAATTAGCAACTGTAGCTAGAGTTCATAATAATATATTGTTTTGCTGAACTTATATAGGCCTATACCAAATATACTCTTAACTTTACTCCAACCTAAAAGAACTTTAATATTTATCACACAAAATAAAGACTTAAATAATAGAATTGATAAATAGGGCAATTGTTATGACATCAAAGCAAGACAGTTGAGTTCTGGGAACTGACA 1 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4186 0.0004 -61.8 ....(((((.((((..((((((((((((((.(((((((((((((..((((((((...((((..........))))..))))))))..))))))))))))).)))))))))))))).)))))))))..... (-61.8)