mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGAGACAAGAGTGAGT TCACTCCCGTCTCATCTAACA AGAGTGAGTGTTACAAGTACCAAGCTGGGCTTTATATAACACTCACTCCCGTCTCATCTAACACTGAGGATGGGGCAGTTTCAGTTAATCAACTTTAACCATCCTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTACATTAATACCAGGTATTGGGACACTCACTCTTATA AACGGGCAATAATTTATTAAATTTTCCATTGATTGAAATAAGGCGGTAGTGTAACTGAAACGTGTAAAAAAGAAACGTAACAGTAAAAGAATTAACCATCCTCAGTGTTAGATAAGACAAGAGTGAGTGTTACAAGTACCAAGCTGGGCTTTATATAACACTCACTCCCGTCTCATCTAACACTGAGGATGGGGCAGTTTCAGTTAATCAACTTTAACCATCCTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTACATTAATACCAGGTATTGGGACACTCACTCTTATAAACCAACCCCCATTTTCAAATGTCCAACCATACAAATACGAATGTTACATCAACATCCCAACTTATATATCAACCCAAATCTCTTGCAGCTTATTCCAAAGGGTATTCCCCCAACGTGATATAAACTCCCCAATCAGTATTCCATCCACTCATCCATGTATAAACAATTCTCTGGTGATATTTCTCCACCAGGCCGACATTCATTGAACACCGGACATAGTGAAC 2 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4186 0.0005 -83.6 ((((((((((((...((((((....(((..((.((.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((...((((..........))))....)))))))))))))))))))))))..)))))))))))).)).))..)))))))))..)))))))))))).... (-83.6)