mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGAGGTCCTACAGCGTCA ACGCTGTAGGACATCACC CAAGCATATATCTAATGTTACATGGCGTGGCATGCTGTAGGACTTCTATATAGGTGAGGTCCTACAGCGTCACACACCACGGAAACAGATTTAGGCCACCCATTACCACGCTGTAGGACATCACC CTAGACTTATACAGCACATCTGATGTTCATTCACTCACTATACCTGCCAATCAAACCTATGTTTCCATCGCCAACCTTATAGATGATACATCATATGTGATTAACGTCACATCCGTGATGCATGATCATGAAAGTGTTTCATCTACTATCATGTTCACAACAGAAATGATGATAATTGAGCCTCCTGAATACCTTCATACAACTGAGATCAAATACAACAGCATTGGGTTGGAATGGATGGAGTCGTTATCTGAGAACATAGATGGTTACTTTGTTGCATATATGCCACTACATATGCATGGCCAACATGAGAATACAACGCTTGTTGGGGACAAGACAAGCACTGTACTGCAGGGACTTAGACCTGGGACCGAATATTTAATCAATGTTTTCACAGTATATAATGAAAGAGTTAGTATCCCTGTTCAACTGTCTGTCACAACTGGTAAGCTTTACTTTCTTATTATTTTTATTGTGCTTAAAACTGAAAAGCAAAATTTTTATAATTTTTTTTAATTACTAAATTTTATTCAAAATTTTACAACACTTGTGTTACAACAAGGAAAACAAGCATATATCTAATGTTACATGGCGTGGCATGCTGTAGGACTTCTATATAGGTGAGGTCCTACAGCGTCACACACCACGGAAACAGATTTAGGCCACCCATTACCACGCTGTAGGACATCACC 4 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4156 0.0004 -35.8 ..............(((((((.....)))))))..((((((...))))))..(((((.((((((((((((..........((.............))..........)))))))))))).))))) (-35.8)