mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCAGCTCATCTGGTATAAA TATACCAGATGAGCCGCAAAA AAACACTTGAAAATAATCTTATAGCAGCTCATCTGGTATAAAACGTAGTGTATTTCTGACGTTTCAGCTGTCTTTCGGCAAGACTTTATCAGGGAAACAAAATACACTATGCTTTTTATACCAGATGAGCCGCAAAAAGACTATTTACATTATGT CCTCTCCTTTTTGCACACACATTGTATATTAAAAACTCGAATGGCATGGCAAAAAAAACAAAACACTTGAAAATAATCTTATAGCAGCTCATCTGGTATAAAACGTAGTGTATTTCTGACGTTTCAGCTGTCTTTCGGCAAGACTTTATCAGGGAAACAAAATACACTATGCTTTTTATACCAGATGAGCCGCAAAAAGACTATTTACATTATGTCTGGTAGCAACAAAATAAAAAAGACATTTCACTAAAAAAATTAACGCTTTTGTCAAAAACATTTTACGAAGTCTTTTCACATTATACTAACAATAAATATTCAAACCCCTTAGATATTTGGTTTACTCACCTACTGTGCATATTGCATGTATATTTAAATTAAAATACATGGCAGGAGGCACAGAAGATTTAATTTGACAAACATGCAATAATAAATTTATGAAAGATAGTAATGTGGTAAACTAAATTTAAATAAATATTATTCTAATAGCGGGCATAAGTGCTCTTTTGAAAGAAAGTAAAACAGATTTTATTGCAATATATCGCAACAATATCTGCATCATAAAAAAGGCTATTTTCGGCACCGTAGGAAAAATATTTTATTTTATCACATATCAGTGAAAATGAAAAACTAAAACTCCAAAAATGAAAACGTC 3 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4142 0.00003 -50.5 ..(((..((.(((((.((((...((.(((((((((((((((((((((((((((((.....(((((....(((((.....))))).........))))).))))))))))))..))))))))))))))))).))...)))).))))).))...))) (-50.5)