mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCAGCTCATCTGGTATAAA TTTACCAGATGAGCCGCTAAA TATACACCTATTATAAATATAAATAATCTTTTAGCAGCTCATCTGGTATAAAAAAAAATAGCATATTTCTGACATTTTGTCTGCTCGTTTTACCAGATGAGCCGCTAAAAGATTATTTACATTATGCCATGTAACAC ATACTTGCAACATAATAATAAAACAAGTCTTGAATTAATATATATATATATTTGAAAAACATAATATTGCACAATACGGTGTCAAACACATTAGTACTAAAACAAAAGTAGAATTGCACTTGGATAAAAATTGCATCTTGAATTAATTTTTACAGTGATAATACATTGGGTAAAGCAAATTTAATGTAACCGTTAACAGTAAATGAGTATATGAATCAAAACAATTTAAAACATTATGAAATACATGGGGTTTCTATTCTATGTGGGTGAGGTTCCTAGGATTTAGACCAATATTGGCCCATTACCCCAAATCACAACAATATAAAACATTATGAATTATATGAGGTTACAGTGTAGAAATATATTTATTCTCAAAATAATGGTAATTCTAATATAAGGCTTCAGATTTTATACACCTATTATAAATATAAATAATCTTTTAGCAGCTCATCTGGTATAAAAAAAAATAGCATATTTCTGACATTTTGTCTGCTCGTTTTACCAGATGAGCCGCTAAAAGATTATTTACATTATGCCATGTAACACAAGTAACAGAATATTATAAATATTTTTAAACAAAATCACTTAAAGATCATTGTTTCTGATAAACCGGTTTCCCT 3 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -41.9 ..((((.....(((((...((((((((((((((((.((((((((((((.((........((((.......((((...))))))))..)).)))))))))))).))))))))))))))))..)))))...)))).... (-41.9)