mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCGCTCATCTGGTATAAA TATACCAGACGAGCTGCTATA AAATAATCTTTTAGCCGCTCATCTGGTATAAAAAGAACGCCAGGGAATCATTCCCTTATTAAGTGTTGCCGGATGACAGACGGAACATCAGTAATACACTATGTTATTTATACCAGACGAGCTGCTATAAGTTAAAT CCAGCTACAGGGTACGCTCAACCCCCCTACCAACCCCCTTATGGGCAACCTGGTCCACAGTACCCATCTTACCCCCAACAAGCACCTTATAGGGGTCCACCACCTGCAGGTTACCCACAACAAGGCTACCCACAACAAGGTTACCCACAAGGTGCGTACGGTGGCCCTGCCCCATACGGAGCCCAGCAAACAGTCTACGTTCAGCAACCAAAGCAGAAAAAAAAATCGAAAGGAAGTTCCGCAGCTATGGGTGGCATGATGGGTGGTGGGCTTGGTTCAGTCTTAGGTGGAGCTGGTAAAAAAGCTGGCAAGCATAAGAAACTCATTGGTGGAACAGCTGCAGCTTTGGCTGGAGGTTACGCGCTTAGTAAGTTGACCCGTCGTGGCTCCTGGGGCTCATGGAGCAGCGGCAGTTGGGGCAGTTCTGGCAGTGGGGGAAGTTTCGGGAGTTTTGGAAGCTTTGGAAGTGGTGGTAGTTAATGGAATTATAATTAATATTATGTTCTGTTACTTCTGCTACCAGGCATGATGTAAATAATCTTTTAGCCGCTCATCTGGTATAAAAAGAACGCCAGGGAATCATTCCCTTATTAAGTGTTGCCGGATGACAGACGGAACATCAGTAATACACTATGTTATTTATACCAGACGAGCTGCTATAAGTTAAATAACATAATTATAAATTATAATACTTATCTTG 2 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4142 0.0001 -41 ...(((.(((.((((.((((.(((((((((((...((((..((((((...))))))(((((.(((((.(((.........))))))))...))))).....)))).))))))))))).)))).)))).))))))... (-41)