mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCTTTCTCAAAATTTAT AAATTTGGTAGAAGAGCTTAA TGATACTACGAGGCATATTATAAATCTAACGAAGCTCTTTCTCAAAATTTATTAGTGCTGATATACTTCTTATCAAATAATATGTTGGTACAAAAAATAAATTTGGTAGAAGAGCTTAATTAGATTTTGTTGTGACCTTGCCTGGTA CTTTATTATTCAGTAGGATATACATTGTATGTTGATGTTCGATATATAAACTGATACTACGAGGCATATTATAAATCTAACGAAGCTCTTTCTCAAAATTTATTAGTGCTGATATACTTCTTATCAAATAATATGTTGGTACAAAAAATAAATTTGGTAGAAGAGCTTAATTAGATTTTGTTGTGACCTTGCCTGGTAGGGTTGTTTATAAAAATTTATCAATAACAAGTCAACATTTAACAAGTAAAAAAACATTTTGTTTTTTGTTTTTCGGCAGTCTAAAGCTATTGGTCTTTTTCACAATTCTACGTTTTGGAATGAAAAAAAGGTACATTCATCACTCATCAGTGCATTACAGTAAAATACCTGTAAATTGCAAAATTCAATTTTGAGCAATGATAAAATCAATTGCAAGCCTAAACAAATGAAATGCCAGTGATTTTGAAATAGTATTAACATTAAACTGAACAAAAGCAAACACATAACAAAAAGTAGAAAAACAATGTTCACATCAGGTAAACAAAAGTTAATATTAAACAAAAAACTTTCAGCAAAAAAGTTTAATTACCAGTGTAAGCAAAAGTGTCAAGTGAGCATTTACACAATTATTTTGGTGCAAAAACAACTAAATTCAGAAACAAGATATTGTAAAACATTGTTAGCTTGAAGTGGAGTCAGAACTTCTGGTTGACGTCGTT 4 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4216 4e-41 -39.4 ...((((((((((((((....((((((((..(((((((((....(((((((((.(((((((((((...............)))))))))))....)))))))))....)))))))))..))))))))...)))).)))))..))))) (-39.4)