mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATTTGGTAGAAGAGCTT GCTCTTCCTCAAAATTTATT AGGCATATTATAAATCTAACGAAGCTCTTCCTCAAAATTTATTAGTGCTGATATACTTCTTATCAAATAATATGTTGGTACAAAATAAATTTGGTAGAAGAGCTTAATTAGATTTTGTTGTGACC GCATCGGCGGTCTGTTGGGAGGAAAAGCGCCAAAAGTTTGAAGATGTAGAAAAAGAAATGGACACACTGAAGCAGAAGACAGAAGAACTTTTAATCCAAGCTCATTTCAAATTGGTTGATTTTATCACATTGTTCAAGCCTGAAATTTTGGAAGCTTCTGATGTTGGATCGAAAATTGTCTGCAGTAGATGTAGCATGAAGAAAGACAAAGTATGGAATGAAACCAAGGTTGTACTACCTCATAACTTGCATGTAAACACACAAATCCCATGAACTTGATTATATTAAAAAGCACCTCAACACACTTTATTATTCGAGTAGGATATGCATTGTATGTTGATGTTCAAAATATAAACTGATACTACGAGGCATATTATAAATCTAACGAAGCTCTTCCTCAAAATTTATTAGTGCTGATATACTTCTTATCAAATAATATGTTGGTACAAAATAAATTTGGTAGAAGAGCTTAATTAGATTTTGTTGTGACCTTGCCTGGTAGGGTTGTTTATAAAAATTTATCAATAACAAGTCAACATTTAACAAGTAAAAAAACATTTTGTTTTTGCTTTTCGGCAGTCTTAAGCTATTGGTCTTTTTCACAATTCTCTGTTTTGGAATGG 4 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4216 6e-37 -35 .((((((....((((((((..(((((((((....(((((((((.(((((((((((...............)))))))))))..)))))))))....)))))))))..))))))))...)))).)) (-35)