mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTTTTGACCATCTTTCTG ATGATTGATGTTTAATGGCTCT GACAACTTACCGTTTGACGGCTATGATTGATGTTTAATGGCTCTTAACAAAAAGGTAGAGCTTTTGACCATCTTTCTGCCATCGCCCTGGTACTTTCA ACAGCTTAAGCAACAGGGTCTAGCCTGCCTGCCACATTACAACCGAGCCATTCCACGACAGAATACCTCATTCCGCGAAGCCGGCAGCGCCTCGAGGCGATTCCCAGACATTGTTTTTATGCTGATCTGTTATCTAAAGTAATATCTATTAGTTTAACAGTACAGTGATTGACAACTTACCGTTTGACGGCTATGATTGATGTTTAATGGCTCTTAACAAAAAGGTAGAGCTTTTGACCATCTTTCTGCCATCGCCCTGGTACTTTCAACAAGTAGAATACCACACTCCAGCCTATAACTAGTCCTCCAGCATAATATATCCAACAATTCTTCAAAAACAAAGGCGTTTAGTGCCGACCAGAGCCATAGAAATACCGAGTAGTCCAACCCATTGTTACGTAAAACACAAACAAAACTTAACAAGTTCGTTTAAACCCTTTGTCAAAGTCACCACTTTTACTATATTTTGGACACACATAGACGGCAGTTGGACTACTTGGTGTTTATACGACTCTGGTGCCGACTGCCCTCCGATGCTATGATTTGGCAGTGAGTTGAGTTTGTTGCCCTGTTTATGACGTAACACAGGGGCTCAATCCAATGCCTCATGATAAGCATTACAATCAGCTACAGTTTTACGTAAATTAAAAGTTGAGTTGCAAAAAATGTATCGAAACCTCTGGAATTTTATTTAGTTTTCCTTTTTTTGTTTAACACTGAGCAGTTATGCGACAAACTGGAATAGTTTCACGTATTTTTTATATTGCTTTGGTTCCAGACCGCCACTTTTTTAGCAATAATTCTATCGTTCGTTAAAACGATGAACCAAGCTAAAAAAAGTCTGTAGGTGTTGTATTAATTTAACAGGCAATTTTTTGGGTAAAGTTTTGTAGAGGTTTTGCTAAAAGAGCCACGCTGAGAACAACACGAACAAAAGGTTCTTTGCAC 5 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4054 6e-24 -29.4 .......(((((..(((.(((...((..((((.((((.((((((..((......)))))))).)))).))))..)).))).)))...)))))...... (-29.4)