mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCAGCTCATCTGGTTTAAA TATACCAGATGAGCTGCTACA GGCATTATGTAAATAATCTTTTAGCAGCTCATCTGGTTTAAAAATATCAGGAAAAGTATTCCCTTATTAAGTGTTGCCAGATGGCAGATAGAAGGTTGGAAATTTACTAAGTTATTTATACCAGATGAGCTGCTACAACACTATTTATATAATTA CGTCTCACCACCTAGCTATAGTGCCCAACCACCACCTGGGAGTTATCAACCCCCTAATTACCCTCCAGGACCCCCACAATACCAAACAGGACCCCCACAGTACCCACCCCCAGCTACAGGGTACGCTCAACCCTACCAACCCCCTTATGGGCAACCTGGTCCACAGTACCCATCTTACCCCCAACAAGCACCTTATAGGGGTCCACCGCCTGCAGGTTACCCTCAACAAGGTTACCCTCAGCAAGCTTACCCACAAGGTGCATACGGAGGCCCTGCTCCATACGGAGCCCAACAAACAGTCTACGTCCAACAACCAAAGCAGAAAAAGAAATCGAAAGGAAATTCAGCAGCTATGGGTGGTATGATGGGAGGCGGGCTTGGTTCAGTTTTGGGTGGAGCTGGGAAAAAGGCTGGGAAGCATAAGAAACTCATCGGTGGAACGGCTGCAGCTTTGGCTGGAGGCTACGCGCTTAGTAAGTTGACCCGTCGTGGCTCCTGGGGTTCGTGGAGCAGCGGCAGTTGGGGCAGCTTTGGCAGCAGCGGAAGTTTTGGGAGCTTTGGAAGTTTTGGAAGTGGTGGCAGTTAATGGAATTATATTTAATATTATGTTATGTTACTTCTGCTACCAGGCATTATGTAAATAATCTTTTAGCAGCTCATCTGGTTTAAAAATATCAGGAAAAGTATTCCCTTATTAAGTGTTGCCAGATGGCAGATAGAAGGTTGGAAATTTACTAAGTTATTTATACCAGATGAGCTGCTACAACACTATTTATATAATTATAATGCTTAACTTTGTCGGGATGTTACTAAATATATTACTCTCGCTATGAATAATGACAGTCCTATGGTTAAAATACCCCAAACTTATTTAAGACTTTGTAACTACTTGTATGCGTACGATATATTTACTTGCGAATAACCAAAAATAACTCAGTGTTAGAGAT 1 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4142 0.0001 -45.4 ...((((((((((((...((.((((((((((((((((.((((...((..((.(((...(((((((.(((....(((((....))))).))).)))..)))).))).))..))..)))).)))))))))))))))).))...)))))))))))).. (-45.4)