mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTTTGTAATGTTTTCATC TGAAGATGTCACAGATGTG TAAGAGAATGCTTCAGTTCTTGTGAAGATGTCACAGATGTGGCAGTCGTTTGTGAAAAGGAATATGGACGTTCAAAAGGCTATGGGTTTGTAATGTTTTCATCAGAAGAAGCTGCAAAGAAG CTCATTTGTTAATAACTTTCTGTAACTCTGGTCTGTTTCCCCTTGAAACTATGGGAGAATGCAAAGTGTTTATTGGCAATCTTAATTTTAAAGCTACGGTTGACGATTTAAGAGAATGCTTCAGTTCTTGTGAAGATGTCACAGATGTGGCAGTCGTTTGTGAAAAGGAATATGGACGTTCAAAAGGCTATGGGTTTGTAATGTTTTCATCAGAAGAAGCTGCAAAGAAGGGTGTGGAGCAGATGAACGGCTTTGAGCTACTGAATCGTCCGCTCACTGTAAAAATTGCGGATAATCAAGATAACTTTAAACCAAGAGACGATGGCCCGCGTCATGGGGGTGGCTACCATGATGAGGGGAGAGGGGGTTATGATTATTATGAAGGGGGCTACGACGGAGGGTATGGGGGTTATGGAGGTGGTGGCGGCGGTGGTGGTTATGGTGGCGGGCGAGGTGGTTATGGCCATGGTGGTGGAGGGGGATATGGAAATGGGGGTAATGGTTACGGGAATCAGGGAGGTGGATATGGGGGAGGTAACCAAGGTGGCTATTATTANCAATTTGAATACTTCACCGGAAAAACTGTANAAACAATGTACAAATTTTCAAACTGTAATAGTGCACATTTTTTATTAATTCAAGTATTACTGGTCAAAG 2 2 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -30.6 .........(((((..((((.((((((((((.(((((((((((...((((((((........))))))))........)))))..)))))).)))))))))).))))))))).......... (-30.6)