mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCGGGAGTGCAGATAACT TTGTCTGCACTCCCGTTCTTT ATCGCGCGTCGTTTTACTGGTCTTAATTTCTCTTGTCTGCACTCCCGTTCTTTATGGGCCTGAAGTAAGCAAAAAGAGCGGGAGTGCAGATAACTGAATGTAAGAGCGCCTGACGTCGTAAACA CTCCCTTCTAAACAAACAGTATTTGTTTCGAAAGTTTAAATATGTGCACTATCCAGCAAAAACTTATCGTAACAAAGGCAAGGGAGTAAAGTACGTAGTCAACCAGCTCTCACAATGAGTCGGCAGATTTCGAAACATGATTGGGGAAATTTTAGAAGAGTAAATCAATCGACGTTTACTCCCTGTAAATAGTATGTACCACTGGTGCAAGGTACGGGGAGTATAACCGAAACGAACGAATAGCGACACAGCATGACGCAGTGCTTCGAAATATGCTGAGTCGCGACATCGCGCGTCGTTTTACTGGTCTTAATTTCTCTTGTCTGCACTCCCGTTCTTTATGGGCCTGAAGTAAGCAAAAAGAGCGGGAGTGCAGATAACTGAATGTAAGAGCGCCTGACGTCGTAAACAACCAACAGAAGGCAAGCTAAATACATCGACCTGACGCGTTTTGCTTCATTCTTTGCTGAGACAAATCTGAGTTCTTGGGTCGTCAGTGTACGAACGGTACTCATCGTCGCAGCTATTACTATTTTAAAGATATTGCTTTAGATATTACGTCAGTTTAACCGCCACCATCGAAGAAATGGACCAACAACAACAACAATCTACAAGTTCCAGTGGTAATACAGCTGGTGAGTGGACAAAACAGTGTGAAGATGGCTTAAACAACCAAATCAATTTGGAGCTCTA 2 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4115 5e-25 -49.8 ...((((((((......((.(((((..(((..(((((((((((((((((((((.((.((.....))...)).)))))))))))))))))))))..)))..))))).))..))))).)))..... (-49.8)