mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTCTGCACTCCCGTTCTT GAGCGGGAGTGCAGAAAACTG TCTTAATTTCTCTTGTCTGCACTCCCGTTCTTTATAAGCCTGAAGTAAGCCAAAAGAGCGGGAGTGCAGAAAACTGAATGTAAG GACATNCGCGCGTCGTTCTACAGGTCTTAATTTCTCTTGTCTGCACTCCCGTTCTTTATAAGCCTGAAGTAAGCCAAAAGAGCGGGAGTGCAGAAAACTGAATGTAAGAGCGCCTGACGTCGTAAACAACCAACAGNAAGGCAAGCTAAATACATCGACCTGACGCGTTTTGCTTCATTCTTTGCTGAGACAAATCTGAGTTCTTGGGTCGTCAGTGTACGAACGGTACTCATCGTCGCAGCTATTACTATTTTAAAGATATTGCTTTAGATATTACGTCAGTTTAACCGCCACCATCGAAGAAATGGACCAACAACAACAACAATCTACAAGTTCCAGTGGTAATACAGCTGGTGAGTGGGCAAAACAGTGTGAAGATGGCTTAAACAACCAAATCAATTTGGAGCTCTATGCCTCTTATGTGTACATGGCTATGGGCCACTACTTTGATCGGGATGATGTTGCCTTGAAAAATGTCTCAAAATTTTTCAAGGAATGCTCCGAAGAGGAGAGAGAGCATGCAAACAAGATGGTTGAGTTCCATAACAGACGAGGTGGAAATACAACATATTTTCTCATCAAGTCTCCAGGACCTTTTGGACCAGACAATTTCAACACCATCAAAGCTATGAAGTGTGCCCTTGCTTTGGAGGTGAATGTCAACAAAAGCTTGTTGGCTTTGCATGAAACAGCTAATGGTGATCCACAGTTCCAAGATTTCATTGAGGCAAACTACTTGCATGAGCAAGTTGAAGCTATCAAACAACTGAAGATTACAT 2 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4115 3e-25 -33.8 .((((..(((..((.((((((((((((((((((....((.((...)).))..)))))))))))))))))).))..)))..)))) (-33.8)