mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTTCCTCACCAATTATGT ATAACGTGGATGTGGACTTGATA TAACCAACAGGGTTGACATGCTCATTTCCTCACCAATTATGTATTGCAAAAGCATAACGTGGATGTGGACTTGATAGCATGGTTAATCCACATT AGCGACTGAATTTAAAAGTATTAACACTATTTCTGTGTTAATTTAGCACTTAATAACAGTTGGTGCTAACTCGAATTAATAGCGGTAAATTGTGAAAATTGCTTCCATGCTGTTTCATTTTTGGTTTGTATAAACTGTAAAGTAGTATTGCCTAAAATTTTAATACTTAAGGTATTCTATCAGTGAAAATTCTTTTGCTGCAAGTTTTGTTCAATTGCGTAATGATAATAATTTGATTTTTTAATTCTCTTTCTCGTTTGAAACCTTTGATTGTATTGTATCACTGTGAATTCTGTTTAACCAACAGGGTTGACATGCTCATTTCCTCACCAATTATGTATTGCAAAAGCATAACGTGGATGTGGACTTGATAGCATGGTTAATCCACATTCTGACAAAAAAATAATAATTCTAATCATTTGTAATATCAGTTCAAAAAAAAAA 4 2 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4087 4e-25 -25.3 .........(((((((((((((((..(((.(((((.((((((.((....))))))))..))).)).)))..)))..)))).))))))))..... (-25.3)