mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGAAACGTAACAGAGCGATT CCGCTATGTTTCGCTTCGGTT GTTTTTCAAATACAGACTACTAATCAACCATCCCTTTTTATAACCAATCAAACCGCTATGTTTCGCTTCGGTTAGTTAGGGGTTAAAGCGACTTGATTGGTATATATTGCGTGGACGTGCGTCTTATAAAAATACGTTGTCACCGAAACGTAACAGAGCGATTTAATTGGTTAACAGCGGGGATGGATGCGTAATAGTTTGTAGATATCTGT CTTATGAATATTTATTCGCGTACTCACACAACTAATATTGCAACATGGTGAAACACAGTTCCGCATTAATTTGGCACAGGGTGCGTTTTAGCGGCGGATTGAAGCGAGATGGAATGAAGGGAACTATAACACAACCCCCTGTAGTTATACGGGTATGTGGCGACAATAAACGCGTCATATATAGTGGGCATATATACCTTCACTAAAAGAGTGTTTTTCAAATACAGACTACTAATCAACCATCCCTTTTTATAACCAATCAAACCGCTATGTTTCGCTTCGGTTAGTTAGGGGTTAAAGCGACTTGATTGGTATATATTGCGTGGACGTGCGTCTTATAAAAATACGTTGTCACCGAAACGTAACAGAGCGATTTAATTGGTTAACAGCGGGGATGGATGCGTAATAGTTTGTAGATATCTGTATAAATACCCATTGTAACTTTAATGGGGGTGTAAAAGTCCCAAATACGACGAGAATTTAGCGAGATATATATCATAGAACGCATCCGCTTTAAGAAAATCCGTTTTGCAATAAAGTCATGCGTGCATAGAAGAAAGTTACTTTGCCAGATATTTCGGGGTCAAACTACCGCGAATATTTGGTCTCAATCATCGGAATTTGCGAAACTTTGC 4 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4098 0.00000004 -61.7 ..........(((((((((.((..((.((((((((.((..((((((((.(((.((((.((((.((.((((((((((((((...........))))))))(((.....)))...(((..((((.((.....)).)))).))))))))).)).)))).)))).))).))))))))..)).)))))))).))..)).)))))))))......... (-61.7)