mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTATGTGTGTTGTTGGTGTG TATGTTACAAAAAATATAAAAA GACTCAGAAGAAGACTAAGATTTTATGTGTGTTGTTGGTGTGATTTCCAGTTTGTCAGGTTTCACAGGTGTTGCTGCACTCAATTGTCGCTGATCAAGAGAAAAATATATGTTACAAAAAATATAAAAAGTGGTCCAAAAAAAAAA AGTGAAAGATGTAGTTCAAACAGTCACCAAGTCCCTGCTGGAAATTGCTACTGAGAAAACTGCAAACGACCCAACGCAGTATTTCACCAACTTAAAAATGATTTTAACACATTATGTACCACTTCTGTTAAACTACAACAAGAACGGTTCATCACAGTTAGATTGCATATATTCTCTAGAAGGGTTTGCATTAAATAGTGAAGCTACCATGAACTGCCTTGTAAAGGTTTTGATGCTTTTGTATGAAAACGATGTTTTATCTGAAGAAGTTATTCTTCACTGGAATTCAAATCCAAGGGATAATTCTGGCACATTCTCTCCAGCAAATGTTAGAGAAAAGGTCAAGAAATTCATTGAATGGCTTGAGGAGGCAGAAGAGGAAGACTCAGAAGAAGACTAAGATTTTATGTGTGTTGTTGGTGTGATTTCCAGTTTGTCAGGTTTCACAGGTGTTGCTGCACTCAATTGTCGCTGATCAAGAGAAAAATATATGTTACAAAAAATATAAAAAGTGGTCCAAAAAAAAAA 5 1 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -23.1 ............(((((...((((((((...((((..(((((.((((...((((((((.....((((((((....)))))....)))..)))).)))).))))..)))))...))))...))))))))..)))))........... (-23.1)