mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCTGTCCCAATTT ATTGGGACGGAGGGGGTAGTG GTCCAACTATATTACTCCCTCTGTCCCAATTTACTTTGATAAGCCAGGCAAGACGTTGGTATGAAATACCCTAAGTAAAGAAGGCATGCCCGAGCAATGAAAGAAACCTCTCAACTACAACTTTGTGAGCCCAAAATCTTAGGTTCAAAATCACTCCCCAACCAACCCACCGAACTAACTCCATACGTTCATCATTCTGGGCATCCTGGGAGTGTTTTTGAGTATCCAGATTCATAGAATGTTCAATGAACTTAAACAGACAGGTTGTCCAGGTTCAGAGAATGTTCAATGAATCTGGTACAAAGCCAGGATGCCAAGTAAATTGGGACGGAGGGGGTAGTGATTATTTG AAAGGGAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAGGNAGTGTTATACGAACTGGTTCTCATAGGATAGTCCCTTCTAAATTTTAGGTGTTGAGTACGCTCAAAGTTCTCATGGGTAGGAAATGAAAACGTCCAACTATATTACTCCCTCTGTCCCAATTTACTTTGATAAGCCAGGCAAGACGTTGGTATGAAATACCCTAAGTAAAGAAGGCATGCCCGAGCAATGAAAGAAACCTCTCAACTACAACTTTGTGAGCCCAAAATCTTAGGTTCAAAATCACTCCCCAACCAACCCACCGAACTAACTCCATACGTTCATCATTCTGGGCATCCTGGGAGTGTTTTTGAGTATCCAGATTCATAGAATGTTCAATGAACTTAAACAGACAGGTTGTCCAGGTTCAGAGAATGTTCAATGAATCTGGTACAAAGCCAGGATGCCAAGTAAATTGGGACGGAGGGGGTAGTGATTATTTGCAAATACATAGAACCTCCTAGAACCATTTTAAAAGAAAAATTAATATGTACTTAGCGTTGTACATATCATTGTAGAAGAATGGAAGAAGACGAGTGGGAAGGGAAAGAGGCAAAACAAATTTTAAAAGAGTTGTGGGATAGCATATTTCCCTTTTCATCAACTAAACATAATGTCGTTGTGTAATTTTTATCACACCAATGAATATCAAGGTCATCTTAATTTGTTGGATGGTCATGTCTTACAGGAAATGTGTTGATAATTTTCAAATTGTGCAGAATATGTGACATTTCGTACAAGAGGTGGTACTTATTCATATCGATAAACGGTAAGCAGCTATTGGGTCTCCATCTTGGTTGGTGTGGGAACATGATATTTGGCATTTGGGTCAATTGGGAAGTGGTTCCAGATTAAAATTCATTGGTACCTAGATCACAGATACGAATAAAAAAATGAAACAATTCATAACAATGATATATTNNT 0 0 5' arm Eragrostis_curvula mirnest 100 100 -108.5 .........(((((((((((((((((((((((((((.......((.(((.....(((.......)))..((((((.......(((.(((....))).(((.((....)).)))..((((....)))).)))......)))))).((((((.(((((((.......((((..((((...........)))).......))))......))))))).))))))(((.((((((((((.((((((((..(((((((..((((.....))))..)))))))..)))))))).)))))))))))))...))).)).....)))))))))))))))))))))))))))........ (-108.5)