mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTAGTGTGGATGGTGTT CACCATAAGCAGAGCACAAA CATCTGGCGTGTGTAGTATTTTGTGTTAGTGTGGATGGTGTTATATGTTAAGACATTAAAGTTAACACCATAAGCAGAGCACAAAATGCTTGAGGGGGCTGAG GCTGATGCTATTCTAAACTGGGAAATGAAATGCAAAACCGACGTTAATGTAACATTATGGCTGAGATTAAATGCACCAAAATCAGGAAATTCAAAGTTATGTTTCCCCCAGCAACTATAACTCAGCCTCATCTGGCGTGTGTAGTATTTTGTGTTAGTGTGGATGGTGTTATATGTTAAGACATTAAAGTTAACACCATAAGCAGAGCACAAAATGCTTGAGGGGGCTGAGTTATGATGACTCTGTGAGCTGTAAGTGTTCTTGCACAGGCTCCTGACTCCTCGAATAATTTTTTTCCCTGCCCATCAGAACAATTATTGCCTTTCTTTTCAGTTATATTTCTGCTTTAGCACAT 3 1 5' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 bta-mir-2414 4e-34 -32.2 .....(((......(((((((((((((..(((..(((((((((....((((....))))...)))))))))..))).))))))))))))).......)))... (-32.2)