mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAACCTTCAGAAGGAAAGAA CTTTCCTTCTGAAGGTTAATG CCACACACAAAAAAAATGGTCCACAAAACATTCTTTCCTTCTGAAGGTTAATGATAACAATGCATCGTAAAACCTTCAGAAGGAAAGAATGTTTTGTGGACCATTGTTATCATCCTCG TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCATTAAACTTGTTTTAATGGTCTCAAAATTCTGTGACAGATTTTTGGTCAAGTTGTTTCCATTAAAAAGTACTGATTTTGAAAACTAATAACTTAAAACTGCCACACACAAAAAAAATGGTCCACAAAACATTCTTTCCTTCTGAAGGTTAATGATAACAATGCATCGTAAAACCTTCAGAAGGAAAGAATGTTTTGTGGACCATTGTTATCATCCTCGTGCCG 2 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 xla-mir-703 2e-21 -56.9 ...........((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((........)))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).......... (-56.9)