mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAGATGGCTCAGCAGTT CTGCTAAGCCAACTTTCTAGC ACATTAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACAACTTATTCATATAAATAAAATAAATAAATCTTTATTAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGCATTAAATTTCTTAACTGCTAAGCCAACTTTCTAGCCCCTTAAA TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGTGTATGGGTGTTTTGATGGGTAAATGCCTGTGTATGATGTAGATGCCTGCTGGTCTGTAAATGAAGGTACAAATGGTTGAGCTGATGTGTGGGTGCTAGCAATTGAAACCAGATCCTCTGGAAGAGCACCCAGAGCTCTTGAATATTGAACATATTCAACTCTCTTGTTGTTTTTCTTATAAACGCTAATAAAACTGCTCTTGCACTCCCCTCTGAGTACATTCATAAGTACTTTGAAAAAGCATTAAGTACTTTCAAAGTACATGAGTACTTTGAAAAAACATTAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACAACTTATTCATATAAATAAAATAAATAAATCTTTATTAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGCATTAAATTTCTTAACTGCTAAGCCAACTTTCTAGCCCCTTAAATTCTCTTATTAATAAGATTAAGAACCACAAAGGAGACTCCACCTTCCATAATAACGTGTGAATGGGACCCAACACAGGACACCTTTAAGATTCTAATAATACCAGGCACTCCTTCTCCTCCACATCTTTTCAAACCATTCATTTTATCTGTATGT 2 0 5' arm Rattus_norvegicus mirnest tRNA 0.000000009 mmu-mir-3473b 0.000002 -44.1 ...(((((((((((((((.(((((.((((((((((((.........(((.(((.(((...........)))..(((((.((...)).)))))...))).)))........)))))))))))).))))).)))))))).))))))). (-44.1)