mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTACATGTGTATGT AGCACGTGTGCATAGATGTG CGTATTTTGTAATAGCACGTGTGCATAGATGTGATCTTGATTTATAAGATCAACATAGTTGTGTGTGTACATGTGTATGTGACAGTATTT CTTGTTTTCCAAAGGGGAGGGGATGATCTTAAACAATTTTTTGGAGTTCCTAATAGGCTATACCTAGATATATTATTTAAATCTCGAATTTGAGGACTACAAATTCGATGTCCTTTTTAAGAAAAAGATTGCTTTACAAGGAGAAGCTTATGAGCTATATAGAACCATTTTATTCACTCATAAGATCAGTCATGCCACCTTTTTTTTTTTTTGTCAGAATACATTTCTGCTCCAATTACCACAAAAGATATTTTTGTGTCTCTTCACATTTTTTATGGAATTCTTATTTTTGTTCGTATTTTGTAATAGCACGTGTGCATAGATGTGATCTTGATTTATAAGATCAACATAGTTGTGTGTGTACATGTGTATGTGACAGTATTTTGCATTTACCTGAACTTTAAACATTTGCTAAAAATGATTGTTTTAAACACAAGGAAACAACACTGTTTTAATAGTTTTTTCTTAATACTGAGATGGTTACAGTTTGTTAAGGTAGAAAAATCAGAGATTCCTCAAAAGTAGTACCAGATGGGTGAGTATGTGACATTCTCATCTTGGGTTTCTAATGGCTTCTAGGTGGTGTTAAATTGTGTCAAGTCTTCTCTCCTCCCTTACCATGTCCTAATTGAGTAGCTTTAAAATGCCCTTAGTAACATTGTTGCTTTAAATTTATGACACGAAATTCTAATTTAAGCTAGGCATAACACCAGCATCTATTGGACACATTTGCTAAA 4 1 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 100 -24.8 ......((((.((((((((((((((((.(((((((((((.....))))))).)))).......))))))))))))).))).))))..... (-24.8)