mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTGTTTTTTTTTTTT AATGGGAAAATGGAGCAGAGT TGTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTTTGTGTTGTTTTTTTTTTTTTAAATGGGAAAATGGAGCAGAGTCCTGGGTTCAAATCCCAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGTTGTCAAAGTACACAGGATTTTTTATTCATGTTTTTGAGTCTTTGCTACTTGGAACATCACGAATCAAGTGGTATGGTTTTAGTTTCTCCTGTTAAGTTTTGTCTTTTTGTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTTTGTGTTGTTTTTTTTTTTTTAAATGGGAAAATGGAGCAGAGTCCTGGGTTCAAATCCCATGTGTATCGATGACTTACTCTGTGATCTTGGACAAATCACTTTCCTACCCTGGTCCTTGGTTTTTAATCACCTGCAAAACAAGGATGTGATCTCCATCTGAGGCTTCTCTGGCCCAGCAGTGCGATGTGTAGTGGTTTGGGCATCAAGAGTCCAAGAATCTAGAGAGCTGTACAACTAATTCTGCAGATAAGTTACTTCCCCTTTCTAGGCCTCAGATTCCTCTTTTGTGAAAGGGGGATGTGGAGCTGGACCTGAGATGGTAAGACAGGAAGTACTTAGCAGCACCTCACCATAGCTCTACTGAACCCAAACCT 4 0 5' arm Rattus_norvegicus mirnest tRNA 0.0003 100 -15.1 .........((((((...((((((((.((((((((((.((....)).)))))))))).)))))).)).....))))))..... (-15.1)