mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTGTTTTTTGTTTTT CTGCAGGAATTCGGCACGAGCG GGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGCGCTCATTTTGGTTTTCTTTTCTTTATTTTTTTGTTGTTTTTTGTTTTTTGGGGTTTT CAAAGCTGGAGCTCCCCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGCGCTCATTTTGGTTTTCTTTTCTTTATTTTTTTGTTGTTTTTTGTTTTTTGGGGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGAGGCAGTGTCTCCACCTAGCCCTGGTCATCCTGGAACTTGCTCTGTGACCACACTGGCCTCAAACTGAGAGATCCACCATCTCTTCCTCCTGGGTACTGGATTAAAGGCCTGTACCACCACCGCCCAGCATTCTTAGGGTTATATTCCAGCAACTGCCGACACCAAGTCAACCTCACCAATAGTAATTCAAGCACAATCATTTAAAAGCTACTCCACTCGATCTAGTAAGTCACCCCAGATATTTTTAAAACATATATCAGTGTATACATTTCTCTCAACTCACTTACCTGGAAGCATTGATTGGAAAGAACCTTCAGTGTTTAAACTGACCACTGACCATTTCCAGACTGAGGTTATTTTTCTGATGGCCATGAGTTGAACTGAACATGAATGGGCCCTTCAGCATGGGCCACAGTGTTCATTATGCGCATTAAGTATTAAAGTGAACCTTCTAAGGACTATCACAGCACAATCCTCAGATATATTCTCAGATATATCCTGCAATTAATCACGATGTTGGAAACTAGGTGACAGGAAACCCAACTCACATTC 4 1 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 100 -16.7 .....(((((((..(((((((..(((((.(((............................))).))))).)))))))..))))))).... (-16.7)