mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACAGCAAGTGTAAACAGGCA CCTGTCTGTGCCTGCTGTACA AGGCTGGGTTGTCATGTGACTGCCTGTCTGTGCCTGCTGTACAGGTGAGCGGATGTTCTGCACAGCAAGTGTAAACAGGCAGACACATGACAACTCTGTC TTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTTCAAAAACTGGCTTTATTAGGTTTCAAAGGCACCACTCCCTTTACTTGGGGGGTAGGTTTTAATATACGAATCAAAATAAAAGGATTACATACGAGTTTATTTTAATAAGCCGACAAAAAAGCCCCAGGCCCCCAAACCCCTCACTGTGGTTGTACCTCTTGGTGTAAATGCTATGGTGTGAGGGCAGCTTTCTTTCAATGGCTGGTTGTCATTCAGGCTGGGTTGTCATGTGACTGCCTGTCTGTGCCTGCTGTACAGGTGAGCGGATGTTCTGCACAGCAAGTGTAAACAGGCAGACACATGACAACTCTGTCCAGCCAGGCCCTTGGCTCCTTCGTGTTTCCTTTGCTCATGGACAGATACAATCAGCCTGTTTTCCAAATTTGGTGATTGGGGGGGGGGGGG 3 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-214 6e-46 age-mir-214 1e-49 -48.9 .(((.(((((((((((((.((((((((.(((((.((((((.((((...((....)))))).)))))).))))).)))))))).))))))))))))).))) (-48.9)