mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGTTGCTGCTGATGCTGGC AGGCGTTCACCAGCACCATCAT CTGGCTTTTTTGATGTTGCTGCTGATGCTGGCCCTCTGTCTTTTCCACAGGTCACAGGAACATGATGTGGAGAGAAACCGAATCCGACAAGCCCGGCCTAGACTCTTCTACGGCCGGCGTCTGCGTCTCCCAAGAGTCGTTCACCATCACCATCACCGTGGCCCACATGGGGTGACCAGTGTAGGCGTTCACCAGCACCATCATTCTCCCCA CTGCTGACGGGGGCCACTGAATGAAGTGTGGAGAACCTCTGGCTTCCAGATGTTAGGCCTTCTGGGGAACACAACCCTTGTGTGTTGGATCACAGGCACTGTGCTGGCTTTTTTGATGTTGCTGCTGATGCTGGCCCTCTGTCTTTTCCACAGGTCACAGGAACATGATGTGGAGAGAAACCGAATCCGACAAGCCCGGCCTAGACTCTTCTACGGCCGGCGTCTGCGTCTCCCAAGAGTCGTTCACCATCACCATCACCGTGGCCCACATGGGGTGACCAGTGTAGGCGTTCACCAGCACCATCATTCTCCCCATCGTCTCCACCAGCACCGTCACCACCACCACCACGGTCATGGAGCCCGCCGCTGAAGCCATAGATAGCACCTACTGACTTTGCCCTCACCCAGCAGCAAAATGAGTGGATCCTGATGCTT 4 1 5' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 mml-mir-569 0.0007 -60.7 .(((......(((((.(((((.(((.(((.((...(((((..(((((..((((((..((...((((((((.((((.........((.((.((((((((((((....)))).)))))).)).))))))))))).((.....))..)))))...))...))))))....))))).)).))).)).)))..))).))))).)))))......))) (-60.7)