mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCCAAAGGAGAGTTGCCCT GGCTTCTCTACTTTGGCAACA ACACTGAGCAAACCAGTTTTAGGGCTTCTCTACTTTGGCAACACATGTCAATGATGACGACGACGGAGAAGTCGAACGGATGCCGTCCAGTCATCGACGACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTTTGACTGCTTCTGCTTAAC TGGCATTAGACAGTTTCGGTCCGGAATTCCGGGATGGCAACGAAAAAAAAAGGTCGAAGTCAAAGATTTTGAATGGCCGATGAATATAGGTGAGAGTACACACTGAGCAAACCAGTTTTAGGGCTTCTCTACTTTGGCAACACATGTCAATGATGACGACGACGGAGAAGTCGAACGGATGCCGTCCAGTCATCGACGACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTTTGACTGCTTCTGCTTAACGCGATTCGAACTCGAAGGGTCTTCGAGCTTTTCGTTCGTACATGGTGAGTTTCTGCATTGATGTACGACGTGTGCTGATATGTCGAGCTTTGTTCTCTGCTTGGGTTGAAACCGCATGAAATATCGACGTGACATCCTCCAGCCACATCTCTGCATTCTCAATGCATGAGTGACAATAGTAATAGTAAACACGAGTATAAAGTATGGATGAATTGAATTCGGACATTGAGTAAGCACGCTACATCTCTTTGTGAAGATGTAGTAGAATGACATCGATGTATGGTGCCTGCCTAATCACCAACTTAGCGATGACCATCTTTTTAACTCGACATACCGAGAATTAGTTGGAAAAATCTGTAGATTTGGCTTGTGGATCTGTAAATCCCCTTAGAGAGAGGGATCTATACTTTGAATCGGGCTGATACCACTTCTAATTTTTGCGATAAGGTATTCGGATGATAACTATCTCGCGTCCTTTCAAATGTAATGATCTTTATGCAATATGAATTATTTTGAG 3 0 3' arm Eucalyptus_globulus mirnest mir-399 2.0E-6 vvi-MIR399b 1.0E-10 -58 ....((((((((.(((((..(((((..((((.(((((((((.....(((..(((((((...(((((....(((.....))).)))))..)))))))..)))))))))))).))))..)))))..))))).)).)))))).. (-58)