mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTGAGGAGGGAGGGGTGT TCCCCTTCCCTTTTTCTCTGGG ATCTCCTCTGGCTCCCCTTCCCTTTTTCTCTGGGGGATGTGGGAAGCCCTGTTGTGGGGATGCCATGGTCTAGGGCTCAAATGGGGGTTGAGCTTTCTGGTTATACAGAGATGTTTGGGTGAGGAGGGAGGGGTGTCAGAGAAGG TTCCTCCTGGCTGTGCCAGTCCTATGCCAACCAATGGAAGTGGCCCCTACCTATGCACAATCTCCTCTGGCTCCCCTTCCCTTTTTCTCTGGGGGATGTGGGAAGCCCTGTTGTGGGGATGCCATGGTCTAGGGCTCAAATGGGGGTTGAGCTTTCTGGTTATACAGAGATGTTTGGGTGAGGAGGGAGGGGTGTCAGAGAAGGATAGGTTCGAGCAGAAGGGATCAGCACAGCTGCCCACTGGGTTTCCTGGGCAACAGTGTCCACTGGCCTGCTAGCACTGAACCTTCCAGGACCCTGAGATTGAGCTCCGTGTGTGTGCGTGTGTAAGTGTGCATGTGTGAGTGTGTGTGGTGTGAGTGTGTGTGTGAGTGTGAGTACTATGTGTGTGTATGTGTGAGTGAGTGAGTGN 2 1 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 100 -55.2 .(((.(((((((..(((((((((((((.((((((((((...((...((((.....))))...))...))))..(((((((.......)))))))(((((......)))))...)))))).))))))))))))).))))))).))) (-55.2)