mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAGGCAGAGGCAGGAGGA TTCCTGCTACTGCTTTAAG TATCAAAAAGCCCTTCCTGCTACTGCTTTAAGAACTGATTCCTGCTGGCTTGTGGTGGCTCACGCCTTTAATCCTAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGGAGGACCTCGGAGTT GTGTTCNGAGGCCTGGCTCAAACCATTGTTATTTGTATCGTCTNTACTTATCAATAAGCACTTGGTTCGCATAAAGAAATGCTTAGTCTGAAACTCAAGATTGTTTTTGTAACTCAGTACTTTAAATGGCAGTATTTAATTTCTTCCCGGTTATATTTGCTACAGATCTGCAGTAAACAAGATAAGTCCCTTGGTTTTCATCCACCTCTTTAGGACAAATAGACGGCTCTGAAGCTGCCCTTGCCGTAGCTACTTCTCTGTGCCCCTGTTAATGGTTGTGGAAGAAAGCTTTGCAGCAGTTCAGAGGTTGCTGCAGATGAAGTGCCACCCACAGGTTCTTATCAAAAAGCCCTTCCTGCTACTGCTTTAAGAACTGATTCCTGCTGGCTTGTGGTGGCTCACGCCTTTAATCCTAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGGAGGACCTCGGAGTTCAAGGACAGCTTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGAAAGAACAGCCAGAACCACACAGAGAAACCCTACCTCCC 3 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest Metazoa_SRP 0.000000006 mmu-mir-709 0.0003 -34.9 ............(((((((((.(((((((.((..........((((((.(((.((((.....))))..))).)).))))))..))))))).)))))))))........... (-34.9)