mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTAGAA ATGTATGTGCACACATCTGTG CTCTAGACTCCCCATGCTTACATGTATGTGCACACATCTGTGCATAACCATGCATATGTGTGTGTGTATGTAGAATTTGTATGGTATGTCTTCA CACGAGGGGTAGTGTAATTCCAGAAACAGAGTCTTGGGAATCACTGATCATTTGGTCTAACCTGCAAGTAACTCACAGGTTCCACTAAGAAAAATCAAGGTGTGTGGCTTTTGAGGAACAATACTTAAGATTAACCTCTAGACTCCCCATGCTTACATGTATGTGCACACATCTGTGCATAACCATGCATATGTGTGTGTGTATGTAGAATTTGTATGGTATGTCTTCATAATTAACTTCAAATGGTAGAATCTGGTTAGGAGGATGGGGGAGAAGTTTTCCANATGGTTAACATTGCACAACTTCCGGGACTGCCTAATCATCTTCTGTTCTTCCTTTGAGTTCTGACTGAAGAGGAATGAGGATGAGGAGGAAGAA 4 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 7SK 0.0003 100 -29.2 ....((((...((((((.....(((((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))))......))))))...))))... (-29.2)