mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTATGTGTGCATGTGTGGT CTTACATGCGGTTAATATAG AGTTCACTGATCCTTACATGCGGTTAATATAGAATTTTATTTAAACATTTTATGTATGTGTGCATGTGTGGTTGGGTGGGA TCCTAGGCTCCCACAGCCAGGCCAGTTCCAGGAACCCTCACGTTTTTCTTCAAACCTCTCCTTTCGCTTTAGAAATGGGTAGTAGCTTTTAAAAAGATATTTCAAAAGAAATCATACCACTTCGTTAAGTAAGTGTGGATAGGTCCTACTACAAAAGACTTCCTCTCATAATTTGCTGAGTGTTTACTGTCCACGTTTGTAAGTCTACTTCTAGGACTCCTGTGTGCATGTATCTATAATAATAGTTATTTTCCTTTAATGATTTCCTTTGACTGATTCCATACTTTATATCTGTGGGGGTAGGGGTGGGGTAGAGTTCACTGATCCTTACATGCGGTTAATATAGAATTTTATTTAAACATTTTATGTATGTGTGCATGTGTGGTTGGGTGGGAGTTTGGGCCATGGTTTGTATATGGAGGTCGGGGACCTTTTAAGAGTTGGTTCACTCCTCTCTGTGGGTGCTAGAGATTGAACTCAAAGCTGGGTGGAAAGTATCTTTTTATCCTGCGCTGTCTTGCTGGCCCTGATTTATATAGGATTATAGGAGTCCACATACCTTGCTAAAATGGGGACAATGAAAGATGGTGAAATATGATGAATTTGTGGG 4 1 3' arm Rattus_norvegicus mirnest 100 100 -21.4 ..((((((...((.((((((((..((((((((((((((....))).))))))))).))..)))))))).))...)))))). (-21.4)