mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGGACAGAGCAAGACTCCG GAGTCACGATCTGTCTCCCAG CTGTTTCCCCGGTTTTTTTTTTTTTGGAGATGGAGTCACGATCTGTCTCCCAGGTTGGAGTGGGGGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATAA TAAAGTGATTTTTTTTTTTTTTAACCCACTCACTGGTCCCGGTCTCTGGATTCAGCCCCATTCCTCCAACACTACTAGAGAGACTGTTTCCCCGGTTTTTTTTTTTTTGGAGATGGAGTCACGATCTGTCTCCCAGGTTGGAGTGGGGGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATAAAAAACTATTAAGTATCAGGAGTGAAAATACATCCAAGAGTGAATGAAGCAGTGACCACAGCTCCAGGCAGGAACTCGGAGCCCAGGTCCCCGTGGGTCGAGGCTGTTTTGTGGAGGGTGTGCAGGACCCACAGGGCTGATGGTGGAAGGTCCTGCTTTGCCACTTGCCTCTGGGCCGAGTCACGTGACCAAGACGAGGGCTCACGGAGCTTTCCTGATCTCTGATATCATCGGGACACAAATGAGGGTTTCTACCTGGCCAAGTGCAGAGATGTAGAGTCTGCCTTTCGGGCCAGGAGCGGTGGCTCATACCTGTCGTCCCACCATGTTCGGATGCTTAGGTGGGCGGATCATTTGAGTCCAGGCCTCGTGCC 4 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest Metazoa_SRP 0.0004 100 -44.5 ...........((((((((.(((((.(((((((((((....(((((((((((........)))))))))))....)))))))))))...))))).))))))))........ (-44.5)