mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAGACGAGCAAAAAGCTTG AGCTTTTGGCCCGGGTTATAC TGCTTACTTCCTTTGACGGGTGAGCTTTTGGCCCGGGTTATACCTGACTCTCACGTATAAGACGAGCAAAAAGCTTGTTGGTCAGAGGAGCTATCG CACGAGGCCGAACCCAGGGCTTTGCGCTTGCTATGCAAGCGCTCAACCACTGAGCTAAATCCCCAACACCCCCTGCATTTGCAAGGAGAAAGGTGCAGAGCATCTGCTGCAGAGACAGGCAGAGTATATGCAGGAAAGACCTATGGGGTGGGAGAACAGAGCACGGGGAGACCTGGTGAGCCATGGAGGTGCTTGATAAAACCCTGAGTCTTGCAACCTGTAACGCCTGGCTGACCCTTGCTTACTTCCTTTGACGGGTGAGCTTTTGGCCCGGGTTATACCTGACTCTCACGTATAAGACGAGCAAAAAGCTTGTTGGTCAGAGGAGCTATCGTCTCTCA 4 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-208 7e-27 rno-mir-3546 1e-49 -33.1 ....((.((((((((((.(((((((((((.((.((..((((((.(((...))).))))))..)).)).))))))))))).)))))))))).))... (-33.1)