mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTTAAAATGCAGATTCTT GATTTTGCATTGTTAATTAGCC TGCCTGGCAACCACCTGAGACCTTGTTAAAATGCAGATTCTTATTCAGCCTGTCTGTGTGAGCTGAGGACAGGGATTTTGCATTGTTAATTAGCCCTAGGGTGGCCAAGCCAA CAGGCTATGGTGGGAATGGTGGGTTCCTAAAACAATGTGAGGGCTTTCCTCATCAATTCAGCTTCCAAATTCTTCTGCTGCGTCTCCCCACTTTCTGCAGTTCACTAGCTGAGGACCCCAAGTTCCAAAGAGAGGAGCTGATACACCCAGGCCTCTCCATTGACCTAGCTCCCCACCTGTCAGGTGTTAGACAGATAATCAACTGTTTAGTGTCCCCGCATTGTCTGTGGGGTTTCATATGAATTGTGTGGGGTGGGTTTTTCTCCCGGAGTCAGTGGTATAAGGGACACTGTTTTCTCCTCCTTACACTACATCAGACTCTAGCATAGTGCTTCCCAAAGCATGCCTGGCAACCACCTGAGACCTTGTTAAAATGCAGATTCTTATTCAGCCTGTCTGTGTGAGCTGAGGACAGGGATTTTGCATTGTTAATTAGCCCTAGGGTGGCCAAGCCAAGATCTTTCCTGAGCCAAGGTCTACATTGGCCGGGCCAAGTTTCTGGCAGGTGGGTATGTGCTTGGACTTACAATTGTATGCGTGCCCAAACACAAGCACGGACATTTTCAAGTGCAAACATCAGCAAATGCATGTTGTCCATTTGGAGACGGTGAAAGCTACATCTAAAATGGAGCTCACCACATGCCACAAAGTCCCACTCTGCAGCTCTGAAGAG 2 1 5' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-544 0.00000003 100 -35.1 ....((((..((((((.((..((.(((((((((((((.((((.((((((...((.....))))))))....)))).)))))))).))))).))..)).))))))....)))). (-35.1)