mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTAGCTGATTGGTGAA CACAGTGGCTAAGTTCTGC CGATGACCTCTCTAACAGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGGTTTCCGCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGAT CCCACGCGTCCGAGAACAGAGGCACCTTGTGGCTCTTTGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCCACCAGCCTTCGAAGATGCTCACCAGCCCTTTAATTATGGCCGGCGATGACCTCTCTAACAGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGGTTTCCGCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGATGGGGACAGTTAACTTGCAGCTGCCAGGCAGAGGCCACTGCCTGGTGGTCACTCCAGAGGAGGAGAGACCAGCCTGCCTCAAGGCTGTGTTGTCAAGAGTGCAAGCAGCGTGCTGACCACCCTTAAATGTGCCTACAGAAAATACAGATCTACTGCTAATTAGTCCACTGTAATATCAAGTGTATTGGAGTCACAGAAAACTAAAACCAGATGCATCACAAAAGCTGAGCGGAGTCTCAGCTGATGCCACACGTGAGGGTGGGGTTTGGGGGTGTTCTTTTGTCCCTGCTGGGCGTGGGGAACTCTTTCGTGTATTTGCAGTCCAGGT 2 2 5' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-27 5e-28 mml-mir-27b 9e-48 -48.5 .....((((((((....((((((((((((((((((....((((((((....(((...)))..))))))))..))))))))))))))))))..)))).))))..... (-48.5)