mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTTTCAGGTCACCCCTT TGGGTGATCTTGGTAACACAGG TTAGAAAGGGAGGCATCTCCGATGGGTGATCTTGGTAACACAGGCGCTGTTCCTTTGCGTGTATTCGTATTTGTCCATATGATTCGTGCTATTACATCAGCGCCTGTGTTTTCAGGTCACCCCTTTGAGATGATCACATTCTTT TGGCCGGGGGCCCCAGATTCCCGCGGGCCTTAGAAAGGGAGGCATCTCCGATGGGTGATCTTGGTAACACAGGCGCTGTTCCTTTGCGTGTATTCGTATTTGTCCATATGATTCGTGCTATTACATCAGCGCCTGTGTTTTCAGGTCACCCCTTTGAGATGATCACATTCTTTCCCTTCCGCATATCAATAATAGCCCTCCCAAATCAATCTCTAAAGGGTAGATGTGCGTTGCCAAGAGCGGTGGGTTCCAATGACTCTGTCTCATCAGGATCAGGTGACTCACTTTCACAGTTCAATGCTGTGATTGAGGTGCTCCCAATATTCATTTTTGTGGTTGTACTTAGCTTCTTTTTCTATATTTATAATAAGAACCACTGCGCCGTTTCTTCGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTCGGCCG 2 1 3' arm Eucalyptus_gunnii mirnest 100 mtr-MIR398a 0.0001 -57.7 ..((((...((..((((((.((.((((((.(((((.(((((((((((((.......(((((...((((((......))))))..)))))........))))))))))))).))))))))))).)).)))))).))...)))).. (-57.7)