mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACAGTGGCTAAGTTCTGC AGAGCTTAGCTGATTGGTGAACA GATGACCTCTCTAACAGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGGTTTCCGCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGA CCCACGCGTCCGAGAACAGAGGCACCTTGTGGCTCTTTGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCCACCAGCCTTCGAAGATGCTCACCAGCCCTTTAATTATGGCCGGCGATGACCTCTCTAACAGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGGTTTCCGCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGATGGGGACAGTTAACTTGCAGCTGCCAGGCAGAGGCCACTGCCTGGTGGTCACTCCAGAGGAGGAGAGACCAGCCTGCCTCAAGGCTGTGTTGTCAAGAGTGCAAGCAGCGTGCTGACCACCCTTAAATGTGCCTACAGAAAATACAGATCTACTGCTAATTAGTCCACTGTAATATCAAGTGTATTGGAGTCACAGAAAACTAAAACCAGATGCATCACAAAAGCTGAGCGGAGTCTCAGCTGATGCCACACGTGAGGGTGGGGTTTGGGGGTGTTCTTTTGTCCCTGCTGGGCGTGGGGAACTCTTTCGTGTATTTGCAGTCCAGGT 2 2 3' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-27 5e-28 mml-mir-27b 8e-48 -48.5 ....((((((((....((((((((((((((((((....((((((((....(((...)))..))))))))..))))))))))))))))))..)))).)))).... (-48.5)