mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGTAGATTGTATAGTT CTATACAATCTATTGCCTTCCC AAAAAAATTGCTCTATCAGAGTGAGGTAGTAGATTGTATAGTTGTGGGGTAGTGATTTTACCCTGTTTAGGAGATAACTATACAATCTATTGCCTTCCCTGAGGAGTAGACTTGCTG GATGGAAAGTCTGCATTCGTGGATCTAGTAGGAAACCAAGAACTAACTGCACTGTTTTAAAGTATAACTTGCCTTAAAAGCATTTGCTTATTAATGCTGTGCATGTCTTTTATGACTTTTTAATTTAACAAGTAGATGATGGGAATGGGCAGTTTTTACTTACTGTGTATTCTATGTCAGCATAAATGAGGATTTAATTTTGATTGATGTTGATAATTTCGTGTTAACCTTTCTTGAAAGAGACTGATGTTTATTCCAGAAGAAAAAAATTGCTCTATCAGAGTGAGGTAGTAGATTGTATAGTTGTGGGGTAGTGATTTTACCCTGTTTAGGAGATAACTATACAATCTATTGCCTTCCCTGAGGAGTAGACTTGCTGCATTGTTTTATCTAGAGGATATTATAAACTTAGGTGAATTCTGACCCTTTGTTTTACAGTTAACTTCTTCAGTGCAATAAACATTGTTATGTGACATTTTTAGTATTCATGCTTAAAGAATTTAGGCAAATATCTGAACGGTAAAAGTATCTAGGACCAGGCCTTTTGGGGTTATTAATAGATTCATTGTTCTACATTTCTGGTACACATGTCCAGAGAAAGATGCCTTANGTAAATGGACATA 1 0 5' arm Rattus_norvegicus mirnest let-7 9e-36 rno-mir-3596d 4e-50 -42.5 .......(((((((.((((...((((((((((((((((((((((((((((((.....))))))).........)))))))))))))))))))))))..)))))))))))........ (-42.5)