mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTGACAATGGTGTTTGTG TCAAACGCCATCATCACACTAA AGACTCTCCTTAGCAGAGCTCTGGAGTGTGACAATGGTGTTTGTGTCCAAAACATCAAACGCCATCATCACACTAAACAGCTACTGCTAGGCTATCC TTACCCAGTGGAATTATTTCTGAGTATGATGTGGTTTGTGCCAAGTGTATGTCTCCTCCCAGAATTCAAGCCTTTTAGGAAACAGATGTAAGCGACTTTCCATTCATGTCCGTAAGAGTTTGTTCCTCAAGGTAAAAGGCCTTTGTGAACCCTCCTTGTTATGCAAGATCCGGGGCCTCTTTCCTAGCTCCTATTTCAGCATTTGGAGCCACGGAGGAGTCTGTGACAAAGAAGGAGGGTGAAGGGGAGGTTAGCACCCTTGTGCCTACAGACTCTCCTTAGCAGAGCTCTGGAGTGTGACAATGGTGTTTGTGTCCAAAACATCAAACGCCATCATCACACTAAACAGCTACTGCTAGGCTATCCGTCTACTCCGTGCGCGACTTGACGTCTGCCCCTCAGAGCAAGAAGTTTTGTCTTATGTACTCTCCGTCATAGGTAATTTATGAATAAAACCTGGTCCTCTCGTGCTCAGAACTGTACATCTGCCTACCCCTCATATGCTGTTGTGAAATGAATGGTGCTATAGAGGAAAAGACCAGGAAACCCAGCCTTTCCTGTGGGACCCTCCCAGCATTGATGACTTCTGACACCCGATTTTTTTCCCCAGCAATAGGCCCACGGTCAATTTTGCTCTGGACGCTAGCTAGGCAATTCTTTATTTCTATTCGCTGTTGACACTGCTTATGTGCAGGTAGCCCTGGATCCAGCAGATGGATGGCACAGTCTCAAGACCCCGCTTCAGACGGCTCT 2 1 5' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-122 3e-35 rno-mir-3591 3e-50 -37.1 ........((((((((((((....(((((((..(((((((((((((.....))).))))))))))..)))))))....)))).))))))))...... (-37.1)