mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACGCCATCATCACACTAAA GAGTGTGACAATGGTGTTTGT GACTCTCCTTAGCAGAGCTCTGGAGTGTGACAATGGTGTTTGTGTCCAAAACATCAAACGCCATCATCACACTAAACAGCTACTGCTAGGCTATC TTACCCAGTGGAATTATTTCTGAGTATGATGTGGTTTGTGCCAAGTGTATGTCTCCTCCCAGAATTCAAGCCTTTTAGGAAACAGATGTAAGCGACTTTCCATTCATGTCCGTAAGAGTTTGTTCCTCAAGGTAAAAGGCCTTTGTGAACCCTCCTTGTTATGCAAGATCCGGGGCCTCTTTCCTAGCTCCTATTTCAGCATTTGGAGCCACGGAGGAGTCTGTGACAAAGAAGGAGGGTGAAGGGGAGGTTAGCACCCTTGTGCCTACAGACTCTCCTTAGCAGAGCTCTGGAGTGTGACAATGGTGTTTGTGTCCAAAACATCAAACGCCATCATCACACTAAACAGCTACTGCTAGGCTATCCGTCTACTCCGTGCGCGACTTGACGTCTGCCCCTCAGAGCAAGAAGTTTTGTCTTATGTACTCTCCGTCATAGGTAATTTATGAATAAAACCTGGTCCTCTCGTGCTCAGAACTGTACATCTGCCTACCCCTCATATGCTGTTGTGAAATGAATGGTGCTATAGAGGAAAAGACCAGGAAACCCAGCCTTTCCTGTGGGACCCTCCCAGCATTGATGACTTCTGACACCCGATTTTTTTCCCCAGCAATAGGCCCACGGTCAATTTTGCTCTGGACGCTAGCTAGGCAATTCTTTATTTCTATTCGCTGTTGACACTGCTTATGTGCAGGTAGCCCTGGATCCAGCAGATGGATGGCACAGTCTCAAGACCCCGCTTCAGACGGCTCT 5 0 3' arm Rattus_norvegicus mirnest mir-122 3e-35 rno-mir-3591 5e-49 -37.1 .......((((((((((((....(((((((..(((((((((((((.....))).))))))))))..)))))))....)))).))))))))..... (-37.1)