mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGATACTCCCTAAGGCTT GCCTTAGTGAATATCTACACT CAAAAGACGAGATGTGCACACAAAGCTTTAAGCACTAATTAAGCCTTAGTGAATATCTACACTAGTAAGTTTTTCTTCATGTTTGAAATGCTTAGCATTGTAGATACTCCCTAAGGCTTGGGTGGTATTGCGTTGTGTGGCCACTCGATCAACTTTGG AGCCTTTGGCTCCCCACACCACACGTTGCCTCTCTCCCTCCGCTCTCCATCAGGTAACATCCATGCAAACAGCAATGCGCGTTCATATGTCAGATGTGCAAGCTAGACACTGGATTACCAGATGTGTGTGACTAGTACGCCCTGTGAATTTAGCAACTGACGTAATCCTTTTATTTGTGGTTTGCTAATTCCCACTCAACTCCGTACAAGATTCCGCAATTTTATGAGCTTCTGTATTATTCTTTTGAATGATACGTAATCACCACTATTAATAAAAAACCGAGAAAGAATATATATGCAAGAGTTTTGGAGATTTTAGAATTGCCGGTAAGTTTGTTGCTTCGAGTTGAAGATTTACACCGACAAAAGACGAGATGTGCACACAAAGCTTTAAGCACTAATTAAGCCTTAGTGAATATCTACACTAGTAAGTTTTTCTTCATGTTTGAAATGCTTAGCATTGTAGATACTCCCTAAGGCTTGGGTGGTATTGCGTTGTGTGGCCACTCGATCAACTTTGGCCTCCCGTCGGCAGTGTAGAGCAAAGGGATGTGTATACTACTTGATTCACCTTTTTTCTCGACAGGTACATGAAGGAATATATATGGTTGCTAGCTTCATGCATATGCTACTATTT 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest 100 bdi-MIR5200 0.0001 -49.2 .....((((((.((.((((((((.((..((..((((...((((((((((.((.((((((((....(((((.((((.........)))).)))))....)))))))).)).)))))))))))))).))..)).)))))).)))))))).))........ (-49.2)