mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTTAGATGTGACATCCTTAAAA ATAACTATGTCACATCTAAGCTG AATCTTGTATAGGTCTGTCTAGGACACATCTAAATGTGACATAACTATGTCACATCTAAGCTGATGTCAACTCTGTTTGTGGTCTATTTTTTTTATCCTAGTTTTTTTATTTCTTATTGCTACATTATATATTTGTAGGAGCTTAGATGTGACATCCTTAAAAACATCTAGATGTGAATTAAACAAACTGATCTTGTATC ACGCTATGACATTAGGCCTATTTAGGTGACATTCCAGAACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGCCACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGAGCGCCTAATTCTCGCCACATAATAGTCGGCAACGGGGCTCGCCTTCCTGTTATTGCCACCGGTAGCACTCTTCTTCCCCACGTCCGTTCCATCTTACCAAAATTCTGCTTTCTCCCAATGTTGTTAAAAATCTTATTTCTGTCCGACAATTTACTCGTGATAATCTTGTATAGGTCTGTCTAGGACACATCTAAATGTGACATAACTATGTCACATCTAAGCTGATGTCAACTCTGTTTGTGGTCTATTTTTTTTATCCTAGTTTTTTTATTTCTTATTGCTACATTATATATTTGTAGGAGCTTAGATGTGACATCCTTAAAAACATCTAGATGTGAATTAAACAAACTGATCTTGTATCTGTGGAATTTGACCCTGCTGGTTTCTCCGTGAAGGATTTGGCCAGCCAAGTTCTTCTGAGGCGCAATAGTAGAGGCGATCTCTACTTGTTTTCAAGCAATAATGGTGGCTCCTCCGTGCTGATCCTCGCCGTCCAGCCCTCCGAGTTGTGGCATCACCGCCTTGGCCACCCCAGTTCCCTCACTTTAGCGCGTTTTTCTCTTGATTTCTTAGACTCATTTATAAGAATGCTCATGATCCCATGCTCTGTACTGCCTGCCAGCTTGGAAACACACACGTCTACCCTTTCCCACCTCTACCTTCTATACCATCGCCCCCTTTCAATAGTGCATTGTGATCTATGGACATCACCGGGTGGTACCTTCCCTGGTATAATAATTACCTAATCATTTGGATGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGCCGC 5 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest 100 tae-MIR1138 1e-42 -46.334 ...........(((.(((.(((..((((((((.((((....(((..((((((((((((((((..((.(((...(((.((((((...................................))))))..)))...)))))..))))))))))))))))..)))...)))).))))))))..))).))).)))........... (-46.334)