mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCGACAAGTAATTCGGAAC TCCAAATTACTCGTCGCTAAA CATTGCCATGTACTCCCTCCGTTCCAAATTACTCGTCGCTAAAATGGATGTATCTAGAATTAAAATACATCTAGATACATCCATACGTGCGACAAGTAATTCGGAACGGAGGGAGTATAATAGGAG CCTTTATNCGAAAAAAATCTAAAGACAAGATGGCAAAATATCTAAGTCAAGAAAACTTGCAAATACATTGTCTATCTTCACCAGCCTGTATGCTGGCCACGATTTGTTAGTGTGTTGCTTCATGATTTTAGCCGCCAACAACTCTTGTGTGCGTACACTGATTGTGTGCCTTTTGATCAGCTAGCTTGGTATACATAGCCAGCTAGCATCCTCATGAAATCAACCATGATGCTTGCTTGGGCTTGCCCTGTGTACATTGCCATGTACTCCCTCCGTTCCAAATTACTCGTCGCTAAAATGGATGTATCTAGAATTAAAATACATCTAGATACATCCATACGTGCGACAAGTAATTCGGAACGGAGGGAGTATAATAGGAGATTGATCATCCCAGAAAATGAGGAGCACCAGAACATAATTTTCAAACTCTAACTTCTGGACGACAATAACATTCAGCAAAAGCTTCCGAGTCAAATATTCTCAAACCATTCTTTGTGAACCGTAAACATATGTTGCGGTCTTGTTAACAAGAGATTACAAAGCCTCCTTCCAAATTCAAATTCTTATTCTTCATCATAGACACTGTGACCCTCTCCAACTGCTGAGAAGCCATCAAAACATACTCAACATTAAAGCACGTTAAGAAAATATATAATGATGT 4 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 7e-43 tae-MIR1136 1e-41 -65.6 .....((.(((((((((((((((((.(((((((.(((((....(((((((((((((((...........)))))))))))))))....))))).))))))).)))))))))))))))))...)).. (-65.6)