mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACAAAGTTGAGTCATC TGATTTAATTTTGTACTACA ATGGTAAGAACTATCTCTCCGTTCTAAAATAGATGATTTAATTTTGTACTACAGTTAGTACAAAGTTGAGTCATCTATTTTAGAACGGAGGGAGTATTATCTATC CCAGCGTCCGGGAGACAAATGAGAAGATATACAGTACCTTATTGTTCTGGGAATGGTAAGAACTATCTCTCCGTTCTAAAATAGATGATTTAATTTTGTACTACAGTTAGTACAAAGTTGAGTCATCTATTTTAGAACGGAGGGAGTATTATCTATCTTTTAAGCTTCAGTGTATGATCATTAACTTTGCTAATCTCAAAGCAAAATCACCAATATTCTCAAAACCAACATGTAACAAAAGTGTATGGTGTTCAATCGACAAACTACCATTTACTTTGTGCTGTCTGTAGATAGTGCTTCATTGTAGCAGGGTTGGATTGTAACATGCAACTATATTCTGCTTTAACCTATATTCTTGTGCTGCTACTTGTAAATTGTAACATGCAATTGTTTTTGGATTGAACGTTGCCATTAATTCTTAGTGTATCCCATGTCAATACAGGATCCAGGAACTGAGAACAATCCCTACATGGGTTTCCTTTACACATCATTCCAAGAGAGAGCTACTTTCATATCCCATGGCAATACT 0 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-23 tae-MIR1137 1e-18 -52.6 ..(((((......((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))).... (-52.6)