mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACAAAATTGAGTCATCT ATGACTCAACTTTGTACTAAC ACATCCTCCGTTCCAAAATACATGACTCAACTTTGTACTAACTTAGTACAAAATTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTTCAGAAT ACATCCTCCGTTCCAAAATACATGACTCAACTTTGTACTAACTTAGTACAAAATTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTTCAGAATCGATGGCTTGAATTAAGTTGGCATGCTACCTGAGGATTGAAATAATGTGTACTATTAGATTTTGCTGTTTCAGATTGAACATCGATTTATTCACAGGAAAAAATAGATTGAACATAGCTTTACTGTAGTATTACATTCCAACATACTTTACACGCTCCTAAAAAATCAAGTGCAAAATTACATTAGAGGGGAAATTCAGTAATTGGTTTCTGAAACTAAGTGACATGCACATGTAAAGTTTGTTTGCTTGATGTGCTTTGTATGCATACGTATTGTAGCCATATATATCAACATGTGACAATAGTATTGCGTTTGCCTTGAACACTAAATTCAGTCTTTCAAAAAAAGAAATTTTGTAGCCATAGTCAAGTCTGCTGCCCTGTGCATGAACCAAACACAACATTAGCTTCCTTTTGAATCCTGAAGGCACCAACTACAAATTATTTTAGTGTACGAAAATCAATCATCAAAGTTGCAAAATTGTGTGATTACGAGGAATCTCGTTTCTTAAACATGTGCATCTTTAGAAAATTCTGTATTCATTAATCATTATGAGTGCACAAATAACCAGTAAAATTGTTCTACATGAAGACCAGAGAAG 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-24 tae-MIR1137 1e-24 -49.7 ((.(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((...))))))))).))))))))).))))))))))))))))).)).......... (-49.7)