mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACAAAGTTGAGTCATCT ATGACGCAACTTTATACTAAC CCTTCCATGCTACTCCCTCCGTTCCANAATAGATGACGCAACTTTATACTAACTTTAGTACAAAGTTAATACAAAGTTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTGGTAGTTATA GAGGGCACNAAAAANGNATCATTTGAAAAGGATACAAAGATCATGAATGCTGCATCTTTCACTATTGAACGTGAGGACCACANCATCGGCAACATCCTCCGCATGCAGCTGCACAGGGACCCAAATGTTCACTTTGCTGGCTATAAGCTCCCTCATCCCCTTCANTACNAGATCATTGTTAGGANCCNTACTGCAAGCCAATCCTCCCCAACTCAGGNATATACCCAGGCAATCAATGATCTAGACAAGGAGCTTGAGAACCTGAATNAAGCTTTTGAGGATGAGAAGACCCGATTCGAGGAAAGGATGAAGCAGGGCTACTAGGCCAAGGGTGTTCTGGATGCTGACGTGAAACCTTCCATGCTACTCCCTCCGTTCCANAATAGATGACGCAACTTTATACTAACTTTAGTACAAAGTTAATACAAAGTTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTGGTAGTTATATCNAACTGCGGTAGAAAAAAAATTACTCAAGGATTTTAGATGGTCCTCTGAACTCGTAGAACCTCTTCATGTGCGGATTGCGTATGATTGCACGGATGTTAAACATGTGTTGGCACTTGAT 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 9e-33 tae-MIR1137 2e-18 -62.5 .......(((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((.((.(((((((.....))))))).)).))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))...... (-62.5)