mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACAAAGTTGGGTCATCT ATGAACCAACTTTGTATTAAC AAGTCATACGTACTCCCTCCGTTCCAAAATAGATGAACCAACTTTGTATTAACTTTAGTACAAAGTTGGGTCATCTATTTTGGAGCGAAGGGAGTATATCTTAAG GTCAATACCAACGGGGATACCATTCAGATTAAACCCAGAAAAAAGAACTGACCATGCAGAAAGTCATACGTACTCCCTCCGTTCCAAAATAGATGAACCAACTTTGTATTAACTTTAGTACAAAGTTGGGTCATCTATTTTGGAGCGAAGGGAGTATATCTTAAGCAAAATAGCATCGATGCCTAAGGTTGGCCCTGTGGACCCCGTAACTCATAAACTCAACTGGTAACAGAAGGCAGAGCTCGGTTTAGATAAGACAGAAACGTCACGTAGTGTATCCTAACATGGAGTTCAAACCAGAGAGCGACGTAAGATAATGTTTGTCAACAGAGAGATAACTTGACTCCAACTTTATGAACTGCTGCAGGGTGGTCTCCATTTGTGCATGTACTTGCCAATGAAGCAATCGGAACCAACATTGCTGTCAAGAAACTACAGTAGAACCAAGTGAGAAGACAAACTGGAAATCAAATATATATAGAATTAAAGCAACATCAGGTTATGTATAATGGACACAGAAAATTGACAATTAACCTTTCCAGATTAATATGAAGGATATGGCTAAATAATTGATCTTAGTATCTTATGCTGTTTTCCTATACTTAGTAAATTTCTAACAAAAGTTAAATAAGCGAATCGACTAACC 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-25 tae-MIR1137 2e-24 -55.7 .........(((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))........ (-55.7)