mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACAAAGATGAGTCATCT ATGACTCAACTTTATACTAAC AGCTTAAATGTACTCCCTCCGTTCCAAGATAAATGACTCAACTTTATACTAACTTTAACATAAACTTAGTACAAAGATGAGTCATCTATTTAAAACGGAGGAAGTATGAGGGAGTA TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTTTTTAACTGGCAGACCATAAGTAAGCTTAAATGTACTCCCTCCGTTCCAAGATAAATGACTCAACTTTATACTAACTTTAACATAAACTTAGTACAAAGATGAGTCATCTATTTAAAACGGAGGAAGTATGAGGGAGTAGTATGCAGCCACAGAAGGTATGCAATTGGCGCTACAGGTATACTGCCCTAACCTTACCCTTGGTACCGCGCCAAACTACTTGCTGCCCTGGAAGATCCACAGGTTGACCGCTCACTGATGGCGCACATCAACAGCGAAGTGAAGCACATGACCCATGGAGACCGGGAACTTATACCCACCAAGCTTAAGCGTAATCAAAACAGGGCTGTAGACTTTCTAGCCAACCTCTTGAAAAGGGAGCACCAAACCGACTTGTGGTTGCAGGATGCCCCAAGTGCCACTGCTCCCTAACTTAAACGACAACTGTCTCAATTACATAGGTATACTGTTGGACCAAAAAATACGTCCATCCAAGATGACAAAATGCACAACATTGACTTCTGAAATTCTGCAAAGCCAATGTATTCAGTCCTTCCAAGTGATTG 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-23 tae-MIR1137 0.0000000001 -43.3 .((((...((((((.((((((((...(((((.((((((((.((((.((((((.((((...)))).)))))).)))).)))))))).)))))..)))))))).))))))...)))). (-43.3)