mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACAAAGTTGAGACATTT GTGTCTCAACTCTAATACTACT ACCCTCCGTCTTAATATAAGTGTCTCAACTCTAATACTACTTTATAGTAAAGTTAGTACAAAGTTGAGACATTTATTTTGGGATGGAGGA AGCTCCCAGCTCTTCTGCTTCTGTGGATCTTTAGCTTGAACTGGGGGCATGCCGTCGCGCACTTTGATCCTGCAAACATGACGGAACTGCAGAAACATGTCTCCTTTTTCGACCGCAACAAGGATGGCTTCATCACTCCTGTGGAAACCATCCAAGGGTTTGTTGCAATCGGTTGCGAGTATGCATTTGCTACTGCTGCCTCAGCCTCCATTCATGGTGCCCTTGCTCCTCAAACAACCCCGGCTGGCACACCACTGCCTCACTTGACAATATACGTGGAGAATATCCACAAAGCTATGCATGGAAGTGATTCGGGTGTATACGATCCTAAAGGAAGGTTTCTTCCCCAAAAGTTTGAGGAATTATTCAAAACATATGCAATACTCCGGCCAGATGCGTTGACACTTGCAGAGATGCATGCGATGCTCTTTGCTAAACGAGATCTAGACCCGATATCATGGGCGCCACCCGAGATAGAGTGGGGGCTATTATTCACGCTTGCAAGCGATTGGCTTGGATTTCTTCACAAGGACAGTGTTAGAGGTATATACGATGGAAGCGTGTTTACCAAGTTGGAGAAGAAATGGCACCCTTCTCAAAGTGATATATGATGAACTTGATGTAATGTGGGACCCACATACAAGCGACGGAGAAGGCCCAATTCTTCCACACTAGGAGACCATGTCACTGCAGGCAACCACCCAATTTGAAATACATATAGTATCTCTAATTACCATAGTTAATACCCACCCTCCGTCTTAATATAAGTGTCTCAACTCTAATACTACTTTATAGTAAAGTTAGTACAAAGTTGAGACATTTATTTTGGGATGGAGGAAG 3 1 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-18 tae-MIR1137 0.00002 -40.5 ..((((((((((((.(((((((((((((((....((((((((((...))))).)))))...))))))))))))))).)))))))))))). (-40.5)