mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTCGCAGGTATGGATGTATCTA GATACATCCATTTCTGCGGGGAGT CTTGTCAATTACTCCCTCCGTTCCGAATTACTTGTCGCAGGTATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTCTGCGGGGAGTAATTTGGAACANAGGGAGTACATGGCAT ACCCGCCCGTTAGATGGAGTACGCCACGCTATTTATGTGACACTATAGAATACTCAAGCTATGCATCCAACGCGTTGGGAGCTCTCCCATATGGTCGACCGGCAGGCGGGCGGAGTAGTGATTAGCGTGGTCGCGGCCGAGGTTTTTCTATAAGAGCATGCATTGTACTCCAACCAGAGTTAAAGCGTACAAGTCAGACACTTGTCAATTACTCCCTCCGTTCCGAATTACTTGTCGCAGGTATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTCTGCGGGGAGTAATTTGGAACANAGGGAGTACATGGCATCTACAATGGCGTCGAAAGCTTAATGAAGACAGGAATGTGACTAGGCAAGGGGAAACTAACAAACTGCGGCAAAAACATGCCATTATTTGTCCAATGCTAAGATGTTGACAATACTCCAAAGTGTAGCACACGTGCAGTACCTCAGTCTCACTTCTCAAATGGATTTTGTTGGACCTCACTTTCAGAAGTACCCAACGCCCTTCACTTCACCTATCTTGGGGGCATTGCCATCGTTNACAAGAAACAGGAACCGACCATTTCCTCGAACAGCTATTTCTCTTATGCGTCTAATGAGCCCAGTTATAGGATCGGAGAACACCTTTGTCTCAATATTTCCCTTCCAATAGAGAACAGATCCGGTCTTGACATGCTTCAGCGCGAGGGTACCCAGGCTGGTCGGGTAGATGCATACGCGGGTGCACTGCACGGAGCTTCGTCCCGGGTACTGGTGCGGCTCCTCGTTGTCCACCGGGCGGCGGTTGTTGCGGATACCGCCGGTGCCCAGAGAGGACAGCACGAGGGTCTTCCCACTCCGGAGGCGGTTCTGGACAGGT 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-37 tae-MIR1136 2e-42 -68.3 ..(((((..((((((((..((((((((((((((.(((((((.(((((((((((((((...((....))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))..))))))))..))))). (-68.3)