mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTCGCAGGTATAGATGTAT ACATCCATTTCTGCGACGAGT CAGAAGTACTACTCCCTCCGTCTCGAATTACTTGTCGCAGGTATAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTCTGCGACGAGTAATTTAGAACGGAGGGAGTACATGATAG CCTAAAGCTGCCATTCTTGGGCGCTTGAGGAAAGCGTGCATTCTTACAATCGATGACCCTTTCGAGTGCTGAACCCAGGGTTAATTCGCTGTCTCTCTGCAGGGCTACAGGTGTCACCCAAAGCTGGTGATGTTTGGCGCTGGGAGAAAGCATGTAATCTTACAGTTGATGACCCTTTGGAGTGCTGAATACATGGTTATTTCGCTGTGTGTTTACGTGATTGATCCGTGCCTTTGGAAGAATCGCTGAGTGTTCCTGTAAGACCTGGTGGTTCAGTTGGTAGGCATGCCTTCTCTTGAGATATGCAGGTGGCTGAATTTTTCTGCTACCATGAGTATATAAGAATTGAAGATTACAGAAGTACTACTCCCTCCGTCTCGAATTACTTGTCGCAGGTATAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTCTGCGACGAGTAATTTAGAACGGAGGGAGTACATGATAGAACACTGGCATTTTCATGTGTCTGTAATATGACAGCAATGTGCTTCTGAAATCTGAATATCGTGCGCCTCTTGGTAGTACAACAAAAAC 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-34 tae-MIR1136 1e-41 -60.3 .........((((((((((((((.(((((((((((((((((.((.((((((((((((...((....)))))))))))))).)).))))))))))))))))))).))))))))))))........ (-60.3)